武腾的游戏完成了千年积木，从而唤醒了“黑暗游戏”的另一种人格。虽然海马公司总裁海马濑人和他的许多同伴进行了许多殊死的战斗，但在过去，当他们因为因果报应而不得不与另一个自己战斗时，游戏和黑暗游戏最终不得不告别，踏上自己的旅程。然后，带有黑暗游戏的“决斗仪”结束了，他们似乎又回到了日常生活中。这时，神秘少年“蓝神”出现在他面前。与此同时，世界各地都在发生神秘失踪事件。然后海马只关心找到千年积木。当所有的谜题拼在一起，决斗的序幕又开始了！海马公司开发了一种新的决斗盘，可以直接把大脑中的影像变成三维幻象，进行划时代的新决斗。