第二集，尼奥没能从内部摧毁“母亲”。他的身体在现实世界的飞船上处于昏迷状态，但他的思想被困在“母亲”和现实世界之间的中间地带。这个地方由火车司机控制。墨菲、崔妮蒂等人知道了尼奥的情况，在守护天使的指引下，找到了“火车人”的控制者——梅洛芬奇。经过一场激烈的争吵，尼奥被救了出来。此时，E-squid部队对锡安展开了猛烈的攻击，人类组织的所有机甲展开了顽强的抵抗，形势岌岌可危；尼奥和三一克服重重困难，到达机器城。尼奥终于见到了机器世界的统治者，机器皇帝。双方谈判达成协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，换取锡安的和平。《黑客帝国》年，尼奥和史密斯展开了关于人类生存的最后决斗。

芒果影评：基努·里维斯就是最好的演员，没有之一。敢接这个剧本敢演这些角色，本身就有一份巨大的魄力，眼光和格局都太超前了。而且，还把这个角色的分寸感拿捏得刚刚好。

B站影评：最期待的新片，没让我失望。演员们的表现非常亮眼，后半段的反转极其抓人眼球，他们的迷茫、痛苦与挣扎仿佛都如此感同身受，这真实而又复杂的角色太值得回味了。

优酷影评：最精彩的当数动作设计，拳拳到肉的动作、具备冲击力视觉的呈现，成为电影的最大亮点。而动作在符合既定人体动能原理的基础上又充满想象力，堪称惊艳。 此外，角色和动作设计的有效结合也是又一大亮点，真人热血番的打斗和极具创新的人物设定相辅相成，更让电影具备了别样的气质，中二热血的少年感、漫感的打斗风格同样符合当下年轻人的审美标准。

猫眼影评：很有调调的电影，不能被轻易定义。 女演员以其独特的个人魅力，让这部电影从内容上得以成立，如果以重要性占比来说，至少是在七成以上。

豆瓣影评：一部绵柔、温润的电影，有着在动作片系中不曾见过的现实主义影像观。从容、克制的影像，又不乏充满直觉性的摄取。摄影机始终以平等的姿态贴近、注视人物。深情、质朴已是本片最大的美德。