第二集，尼奥没能从内部摧毁“母亲”。他的身体在现实世界的飞船上处于昏迷状态，但他的思想被困在“母亲”和现实世界之间的中间地带。这个地方由火车司机控制。墨菲、崔妮蒂等人知道了尼奥的情况，在守护天使的指引下，找到了“火车人”的控制者——梅洛芬奇。经过一场激烈的争吵，尼奥被救了出来。此时，E-squid部队对锡安展开了猛烈的攻击，人类组织的所有机甲展开了顽强的抵抗，形势岌岌可危；尼奥和三一克服重重困难，到达机器城。尼奥终于见到了机器世界的统治者，机器皇帝。双方谈判达成协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，换取锡安的和平。《黑客帝国》年，尼奥和史密斯展开了关于人类生存的最后决斗。