故事讲的是一群疯狂的科学家。为了他们的梦想，他们开发了一套只需要几个基因就能复制神奇宝贝的机器，把世界上发现的最强的神奇宝贝复制成了一个能力比梦想更强的超级梦想。然而，当Superdream醒来时，他却因为找不到真实的自己而死去。火箭队的老板出现在超梦面前，用花言巧语拉拢失去自我的超梦为自己做事，但没多久超梦就对自己感到迷茫。超梦回到被复制的岛屿，决定开始复仇战争。