柯南、灰太狼和少年侦探队的成员步美、广彦、元太在这一天和医生一起露营完毕，绕道参观了西多摩富士山前的日本第一摩天大楼。在双子塔的主人和他的师妹常潘美旭的邀请下，刚刚带着小兰和碧儿去参加了开业典礼。在若松美雪的介绍下，他们认识了以画富士山而闻名的画家，比如岳风水、市议员岩松大木、双子塔的设计者风间秀彦(森谷地二的弟子，在第一颗炸弹《引爆摩天楼》中，森谷挑战新一)，还有一个天才的程序员。在此期间，格雷哈拉的行为异常。达木很早就呆在B塔里被杀了。警官蒋木木着手调查，发现他与缪有着不寻常的关系。不久前他也在家中遇害。由于现场有与日本画家使用的碗相似的小酒杯碎片，两起案件似乎是一人所为。柯南通过小酒杯联想到格雷哈拉曾经效力的黑暗组织，注意到第二起案件的碎片上没有血迹。与此同时，他找出了京原行为异常的原因，却发现她被跟踪了。花园笑话让她看起来像雪莉(灰狗)。在开幕酒会上，若松美雪在向来宾展示富士山最珍贵的画作如月亮时被杀害。她死了，就像富士山中部的双子塔的缩影。她身下还有一个小酒杯，但完好无损。地上一颗原本应该挂在绪脖子上的珍珠让柯南把目光转向了月如。紧接着，A栋Maxus公司电脑文件所在的楼层和地下配电室发生爆炸。在逃跑的瞬间，柯南注意到有一把枪对准了花园，并给出了他心中所有疑问的答案。但他和小兰等人急需解决的是如何逃离火场。