本片以地球人与火神的“第一次接触”为背景，聚焦《星际迷航之下一代》电视剧中的敌人“博格”。当企业号在太空进行例行巡航时，皮卡特舰长收到一份秘密电报，称博格人已经联合其他星系攻击地球。皮卡特上尉被敌人俘虏同化了，星际舰队不信任他，所以没有派他上战场。尽管有命令，皮卡特还是参加了战斗。之后，企业号跟随博格人的时间漩涡回到了21世纪，为了阻止博格人改变人类外星历史和征服地球的企图。