公元2195年，神秘的武器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星殖民地和月球背面。名为郁金香的母船在世界各地登陆。与此同时，私人企业NERGAL完成了实验战舰ND-001Nadesico的建造。即使是针对木星蜥蜴，抚子号上装备的武器仍然具有技术优势，包括扭曲力场盾和重力波炮，这使得抚子成为当时唯一可以与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人事任用上，采取了“能力第一，不论人品”的选拔方针。结果全船的工作人员都是有“特殊人格”的人。出生在火星上的英雄天河明人偶然遇见了他童年的玩伴御统百合香。想再见到莉莉的明仁一直跟着她，没想到却登上了。