在新宿区政府工作的宫古顾欣本应是一名普通公务员，却被分配到东京23区一个不为各区所知的“夜间地区交流科”工作。工作是解决各种妖怪引起的超自然事件。他们和他们部门的前身，部门负责人井敬一，超自然爱好者埼玉吉冢一起，夜以继日地和超出人类常识的存在物一起工作。